宇宙由無數平行的世界組成、藉助奇妙的魔法神刀的切割可以彼此穿行。生活在另一個牛津的少年威爾，遭遇著莫名追殺；在一隻神秘的貓的指引下，他跨過一個秘密的視窗，來到另一個橫行著吞噬成人精靈的妖怪的世界……出於對母親深沉的愛，威爾決定去尋找失蹤多年的探險父親。殊不知這對父子的命運早已與關係宇宙生死的巨大陰謀密不可分了……
亡命天涯的威爾遇到了繼續在朝自己使命的萊拉，並偶然得到那把可以切開宇宙從而在不同世界穿梭的魔法神刀；其實，這並非偶然，許多世紀前，就有了關於他和萊拉的神秘預言：他們即是亞當與夏娃，必須聯合女巫和天使，以及所有正義的力量，幫助阿斯里爾勳爵，才能對抗強大的宗教和政治勢力，揭開“塵埃”的秘密，拯救宇宙；而伊甸園那條引誘他們的蛇，則是女科學家馬隆博士……